Η λειτουργία του Εσωτερικού Ελέγχου είναι μία ανεξάρτητη και αντικειμενική, διαβεβαιωτική και συμβουλευτική δραστηριότητα, η οποία ασκείται από την ΜΕΕ, που υπάγεται απευθείας στον Δήμαρχο.
Στοχεύει να συμβάλλει ενεργά μέσα από τον προληπτικό και συμβουλευτικό του χαρακτήρα, στην επίτευξη των στρατηγικών στόχων του Φορέα, υιοθετώντας μία συστηματική, επαγγελματική προσέγγιση στην αξιολόγηση και στη βελτίωση της αποτελεσματικότητας των διαδικασιών διαχείρισης κινδύνων, του Συστήματος Εσωτερικού Ελέγχου και της διακυβέρνησης, για την παροχή υψηλού επιπέδου υπηρεσιών και την εν γένει εξυπηρέτηση του δημοσίου συμφέροντος.