Είχε προηγηθεί την 23η Σεπτεμβρίου 1863 το ψήφισμα της Ενώσεως του Ιονίου Κράτους με το Ελληνικό Βασίλειο, από την 13η Ιόνιο Βουλή μετά από συζήτηση που διήρκεσε τέσσερις ημέρες και ψηφίστηκε παμψηφεί. Το κείμενο συνέταξε ο Λευκαδίτης βουλευτής Αριστοτέλης Βαλαωρίτης. Επίσης την 17η Μαρτίου 1864 υπογράφεται η τελική συμφωνία όπου παραχωρούνται επίσημα πλέον τα Επτάνησα στην Ελλάδα.
Την 21η Μαΐου 1864 το πρωί παραδίδεται στις ελληνικές αρχές το φρούριο της Αγίας Μαύρας στη Λευκάδα. Στις έξι το πρωί η Αγγλική φρουρά μπαίνει στη φρεγάτα «Μάγισσα» και στις οκτώ φτάνουν ο Μητροπολίτης, ο Έπαρχος και ο κλήρος. Μετά από τις απαραίτητες προσφωνήσεις έγινε υποστολή της αγγλικής σημαίας στο φρούριο. Παραδίδονται τα κλειδιά του φρουρίου σε ελληνικό απόσπασμα, οι Άγγλοι φεύγουν και ο Έπαρχος Ευάγγελος Τσαρλαμπάς υψώνει την ελληνική σημαία. Κατά τη στιγμή της έπαρσης της σημαίας, χαιρετίζεται από την αγγλική φρεγάτα με 21 κανονιοβολισμούς.
Μετά την ένωση την 28η Ιανουαρίου 1866 με το Βασιλικό Διάταγμα αριθμός 9 γίνεται η πρώτη διοικητική διαίρεση των νεοπροσαρτιθέντων Ιονίων Νήσων. Στο διάταγμα αυτό γίνεται και η πρώτη αναφορά στο χωριό Κομηλιό ως, υπό την πρώτη ονομασία με διαφορετική ορθογραφία, Κομιλιό. Το Κομιλιόεντάσσεται στο Δήμο Απολλωνιών ο οποίος αποτελεί δήμο της Επαρχίας Λευκάδος. Το Κομιλιό όπως φαίνεται και στον πίνακα του διατάγματος την εποχή εκείνη είχε πληθυσμό 326 κατοίκους και η απόστασή του από την πρωτεύουσα της επαρχίας πόλη της Λευκάδας ήταν χρονικά 1 ώρα και 15 λεπτά.
